在浩如烟海的佛教文化中，孕育着具有佛教象征意义和灵性的东西。佛教与花木有缘，把银杏尊为“圣果”、“圣树”，借银杏崇高圣洁的神秘色彩扩大佛教的影响力。因为佛祖坐在毕钵罗树下成道的缘故，所有的毕钵罗树都叫做菩提树，被佛门弟子在寺庙中广为种植，视为“佛门圣树”。而菩提树是热带亚热带的常绿植物，在温带和北方寒冷地区很难生长，所以中国古代的高僧慧眼独具，选用银杏等树种代替菩提树。银杏树体高大雄伟，最宜衬托寺院宝殿的壮观，其叶素雅洁净，有不受风尘干扰的宗教寓意。此外，银杏木质软硬适中，纹理细密，佛家用其雕刻千手观音，栩栩如生，尤其佛像指甲微薄如真，故银杏又名“佛指甲”。湖北大洪山、四川峨眉山等佛教圣地享誉海内外，山中银杏遮天蔽日，巍峨高耸，挺立在寺庙中或其附近， 无声地证明着佛教与银杏的渊源。

佛教在银杏的传播中起到了重要作用，也为银杏的保护作出了积极的贡献。佛教理念认为万物皆有灵光，主张普渡众生，这有助于维护大自然的生态平衡。清康熙19年战乱，浙江天目山包括银杏在内的林木遭受战火，贪利之徒欲趁机砍伐，玉琳国师出面力加阻止。当代科学家、中国科学院院士阳含熙题诗云：“几经劫灰与洪荒，世稀珍禾此山藏。多谢山僧勤扶持，世界园林大增光”。