根据银杏的花果结构，把银杏划入裸子植物的范畴，这是大多数植物分类学家经过认真的研究之后而一致承认的。

  银杏不仅是裸子植物，而且是比较古老的（或原始的）裸子植物。在植物系统分类位置上，仅居于苏铁目之下。但已如前述不能就此认为银杏目系由苏铁目演化而来。研究认为（张景钺等1 96 5）苏铁目系由种子蕨目( Pteridospermae)演化而来，而银杏目则由苛得狄目( Cordaitales)演进而成（或与之同源）。由此可见，苏铁目和银杏目虽同为古老的化石植物，而在演化上却是两条独立的平行的发展路线，两者之间没有亲缘方面的直接关系。这是目前大多数植物学家共同的看法。

  近年来有人（张宏达1986）根据银杏胚珠生于棵枝顶端，又缺乏孕性的心皮叶，而且胚珠的珠被在受精之后能分化为三层果皮的这些特点来看，认为银杏较之由心皮叶关闭起来形成子房所发育的果实毫无逊色。因此银杏的球果可以看作为系一种原始类型的果实，不宜把银杏划为裸子植物。但是这一意见，目前尚未取得多数人的同意。

   在植物分类学的一般教科书中，有的把裸子植物划分四个亚纲：即种子蕨亚纲、叶生裸子植物亚纲、轴生裸子植物亚纲和衣被裸子植物亚纲，而将银杏列入轴生裸子植物亚纲之中。也有些植物分类学家把裸子植物分为三个亚纲：即苏铁亚纲、松柏亚纲和买麻藤亚纲，而将银杏列入松柏亚纲之中。在这两种分类方法中，松柏亚纲和轴生裸子植物亚纲名词虽然不同. 但内容基本相同。因为两者均包括了银杏和松柏两大类植物。银杏类植物的各部器官和木材解剖结构及形成层活动的旺盛程度极近似于典型的松柏类植物，据此划为同一亚纲之中是完全可以的。但不同的是两类植物中胚胎发育方面却有明显的区别。因此，在松柏类植物和银杏类植物之间，同样不存在演化上的关系，其亲缘关系也是相当疏远的。

  在过去相当长的一段时间内，由于研究手段和研究工具的落后，植物学家们对蕨类植物、 裸子植物和被子植物之间的花果结构及其系统发育上的联系认识不清，有的认为裸子植物近似蕨类植物，也有的认为裸子植物近似被子植物。这些模糊的观念，直到1851年才逐步得到澄清，明确了裸子植物是介于嵌类植物和被子植物之间的一群过渡性植物，而且具有明显的过渡性状。但是在此之前，由于认识上的不够一致，因而在植物分类学的教科书中对银杏的花果结构曾使用过两套完全不同的名词。一套名词是按照蕨类植物的，如小孢子，大孢子等，一套名词则是按照被子植物的，如雄花，雌花等。如两套名词，交互应用，对一般人来说， 就造成了极大的混乱，因此有必要加以澄清。